粒線體基因定序 Mitochondrial DNA Sequencing
粒線體是真核細胞中提供能量，產生ATP的主要胞器。關於粒線體的起源，內共生假說認為原粒線體被另一個細胞吞噬後，反而形成一種共存的關係，這也可以解釋粒線體有自己類似細菌的環狀基因組。人類的粒線體DNA (mitochondrial DNA, mtDNA) 包含16569個鹼基對，其中有37個基因及tRNA，每個細胞有100~10000個粒線體，而每一個粒線體大約有2~10組的mtDNA，因此，使用次世代定序技術 (NGS) 除了可以檢測SNPs與其他序列變異(SNV與Indel)，也可以對 Heteroplasmy 進行精確定量。一般來說，mtDNA為母系遺傳，因此也被當作一種分子標記，應用於演化、法醫、系統發育等研究。
Mitochondrial DNA Sequencing 相關應用
當mtDNA產生變異、蛋白功能異常時，就會影響能量提供，對於各器官產生不同程度的病變。mtDNA的突變量通常要達到一定的量才會表現病癥，大約是高於70% mtDNA發生突變才會導致粒線體疾病。
適用領域
分子標記、演化、神經肌肉相關基因突變檢測
粒線體基因定序分析服務流程
- 設計服務與實驗諮詢
- 客戶提供檢體給本公司進行分析
- 樣本QC & 建庫
- 上機定序
- 數據判讀後結果討論
服務週期: 25 個工作天
粒線體基因定序分析檢體需求
檢體形式 : 樣本萃取DNA
檢體品質要求 :
OD 260/280 ratio 1.8~2.0 ;
OD 260/230 ratio >1.7 ;
DNA 無降解且無 RNA汙染
檢體濃度需求 : > 50 ng/μl
體積: > 20 μl
DNA總量: > 1 μg
定序規格
Illumina MiniSeq/MiSeq/NextSeq，PE-150
建庫試劑 : QIASeq : DHS-105Z
定序深度 : 平均覆蓋率 >200X，可偵測 >5% heteroplasmy
分析內容
採 smCounter2 做 variant calling
提供序列QC、SNP/SNV、>5% heteroplasmy、58個已知致病位點