總基因體學技術可以應用在多種不同領域，如腸道菌相、皮膚菌相、環境土壤菌相等。可以分析傳統培養分析的盲點，以宏觀的角度分析菌相變化，也可以分析以往無法培養的菌群，隨著次世代定序技術的成熟，在目前文獻研究中已有許多重大發現，是目前微生物領域中新興的熱門研究題材。